La Academia Nacional de Ciencias de Honduras inició su vida institucional en el año de 1882, durante la administración del Presidente Marco Aurelio Soto, cuando se elaboró el Código Fundamental de Educación Pública, ya que en su Capítulo 20, el Artículo 312, se crea la Academia Científica-Literaria de la República de Honduras. El número correspondiente de académicos en ese momento se limitaba a 30. La Academia se organizó en Tegucigalpa el 8 de abril de 1888. Para 1915, el Rector de la Universidad Central de la República de Honduras informó al Ministro de Educación que la Academia prácticamente solo tenía una existencia nominal y debía ser revitalizada, por lo tanto, el 25 de septiembre del mismo año, el Dr. Rómulo E. Durón, Secretario de Educación celebró la primera reunión para refundarla. No se sabe nada más sobre la historia de la Academia desde 1915 hasta 1983 porque en 1974 una bomba destruyó los archivos de la Secretaría General de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras y la historia de la Academia reescrita comienza hasta 1983, que es cuando se redactan los estatutos y comienza la Academia actual.
Es así que la Academia Nacional de Ciencias de Honduras fue fundada el 30 de noviembre de 1983, bajo el patrocinio de la Unidad de Ciencia y Tecnología de la Secretaría de Estado en los Despachos de Planificación, Coordinación y Presupuesto, y, recibió su personería jurídica por parte del Estado de Honduras el 7 de agosto de 1985, siendo su primer presidente de esta nueva época el distinguido físico y profesor universitario Dr. Marco Antonio Zúniga y entre sus miembros hay notables personalidades algunos ya desaparecidos como el Dr. Hernán Corrales Padilla y la Ing. Irma Acosta de Fortín.
Entre sus miembros destacados podemos mencionar el Dr. Salvador Moncada, el Dr. Juan Almendares, el Dr. Gustavo Pérez Munguía, el Dr. Manuel Figueroa, el Dr. Cirilo Nelson, el Dr. Marco Tulio Medina, el Dr. Concepción Ferrufino, la Dra. María Elena Botazzi, la MSc. Carolina Alduvín, el Dr. Mario Lanza Santamaría, entre otros.
La Visión de la Academia Nacional de Ciencias es «Ser reconocida a nivel nacional e internacional como la organización líder en la promoción de la investigación científica, el desarrollo tecnológico y la innovación para el desarrollo de Honduras.» La Misión de la Academia Nacional de Ciencias es «Promover la investigación científica, el desarrollo tecnológico y la innovación para el desarrollo sostenible de Honduras.»
La Academia de la Academia Nacional de Ciencias tiene como objetivos: (1) Contribuir al desarrollo científico tecnológico de Honduras bajo una concepción humanística universal. (2) Cooperar con instituciones públicas y privadas, nacionales e internacionales, en la formulación de políticas de desarrollo tecnológico. (3) Estimular la formación de investigadores nacionales. (4) Desarrollar un marco institucional que vincule investigadores y científicos nacionales y les permita canalizar sus actividades y aspiraciones en función prioritaria de los problemas del país. (5) Desarrollar actividades que contribuyan a encontrar soluciones a problemas específicos y acciones que fortalezcan la identidad nacional. (6) Establecer relaciones con instituciones de otras naciones que tengan objetivos similares a los suyos.
