La Visión de la Academia Nacional de Ciencias es:

«Ser reconocida a nivel nacional e internacional como la organización líder en la promoción de la investigación científica, el desarrollo tecnológico y la innovación para el desarrollo de Honduras.»

La Misión de la Academia Nacional de Ciencias es:

«Promover la investigación científica, el desarrollo tecnológico y la innovación para el desarrollo sostenible de Honduras.»

Los Objetivos Estratégicos de la Academia Nacional de Ciencias son:

• Promover la ciencia y la investigación científica para la solución de problemas nacionales.
• Fomentar el desarrollo tecnológico para promover el desarrollo del país.
• Fortalecer los procesos de innovación y emprendimiento tecnológico en el país.
• Propiciar la participación de Honduras en el escenario científico internacional.
• Fortalecer la capacidad técnica e institucional de la Academia.